შიდა აუდიტის სამსახურის ძირითადი ფუნქციებია:

• „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ და „ინფორმაციული უსაფრთხოების შესახებ“ საქართველოს კანონებისა და ცენტრის შიდა საქმიანობის მარეგულირებელი აქტების შესაბამისად აუდიტის განხორციელება;
• ცენტრის სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასება / მონიტორინგი და რეკომენდაციების შემუშავება;
• კომპეტენციის ფარგლებში ცენტრის სტრუქტურული ერთეულების მხარდამჭერი ღონისძიებების დაგეგმვა და განხორციელება მათი საქმიანობის ეფექტიანად წარმართვისათვის;
• ცენტრში სამართალდარღვევის ფაქტის, სამსახურებრივი გადაცდომის ან / და ცენტრის მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების არსებობის შემოწმება და გამოვლენა, მათი გამომწვევი ან/და ხელშემწყობი მიზეზების დადგენა და პრევენციული ღონისძიებების განხორციელება, საჭიროების შემთხვევაში, დასკვნის მომზადება და დირექტორისათვის წარდგენა;
• საიდუმლო საქმისწარმოების განხორციელება, მოქმედი კანონმდებლობით გათვალისწინებულ შესაბამის ინფორმაციასა და დოკუმენტაციასთან დაკავშირებული საიდუმლოების რეჟიმის დაცვის უზრუნველყოფა;
• კომპეტენციას მიკუთვნებულ საკითხებთან დაკავშირებით საკუთარი საქმიანობის ანალიზი, საქმიანობის ხარისხის გაუმჯობესებისა და ეფექტიანობის გაზრდისათვის რეკომენდაციების შემუშავება.